Hai tháng sau sự kiện Rise of the Tomb Raider, Lara Croft (Camilla Luddington) và bạn của cô, Jonah Maiava (Earl Baylon), đã cố gắng hết sức để ngăn chặn các hoạt động của Tổ chức bán quân sự Trinity. Cả hai đi đến Cozumel ở México, dõi theo dấu vết của Pedro Dominguez (Carlos Leal), người đứng đầu Hội đồng cấp cao Trinity. Trượt vào các ngôi mộ gần đó đang được khai quật bởi Trinity, Lara phát hiện ra một ngôi đền có Dagger của Ix Chel và dẫn đến đến một thành phố bí ẩn. Những bức tranh thờ chỉ đến Silver Box của Chak Chel và cảnh báo về "Thanh Tẩy", khải huyền của người Maya sẽ lên đến đỉnh điểm trong một chu kỳ nhật thực vĩnh viễn. Lara bỏ qua những lời cảnh báo và lấy Dagger để ngăn chặn Trinity mua nó. Dominguez bắt cô và tiết lộ rằng bằng cách lấy Dagger, Lara đã vô tình kích hoạt Thanh Tẩy. Hắn chiếm lấy Dagger, dự định hợp nhất nó với The Box để ngăn chặn Thanh Tẩy và sử dụng sức mạnh đó để định hình thế giới theo như ý hắn. Lara và Jonah thoát khỏi một cơn sóng thần phá hủy Cozumel và báo trước về sự khải huyền sắp tới.

Các hành động đi cùng độ căng thẳng ngày càng dâng cao, Lara và Jonah theo đuổi Dominguez vào Amazon. Chiếc máy bay của họ bị rơi trong khu rừng nhiệt đới Peru trong thảm họa thứ hai - một cơn bão cực lớn - và cả hai trôi đến Paititi, thành phố ẩn trong các bức tranh tường. Khám phá những ngôi mộ lân cận tiết lộ việc dùng Dagger đâm xuyên qua The Box sẽ đem lại sức mạnh của thần Kukulkan, dùng để ngăn chặn Thanh Tẩy. Lara chứng kiến ​​quân đội Trinity bị giết bởi những sinh vật có hình thù giống như người. Khi Lara cứu một cậu bé tên Etzli (Kamran Lucas), cô và Jonah được đưa vào Paititi bởi mẹ của cậu, Unuratu (Patricia Velásquez), nữ hoàng của thành phố. Lara nhận ra Dominguez đã trở thành lãnh đạo của một giáo phái tế thần Kukulkan, và Unuratu tiết lộ hắn chính là anh họ Amaru, bị Trinity bắt cóc từ lúc nhỏ và nuôi lớn để hoàn thành nghi thức định hình lại thế giới. Unuratu chỉ Lara đường đến lấy The Box, nhưng nó đã bị lấy mất. Tin rằng giáo phái đã có The Box trong tay, Lara và Unuratu định ăn cắp nó lại, nhưng Unuratu bị bắt. Lara cũng gặp lại các sinh vật và biết họ là Yaaxil, người bảo vệ của The Box và thủ lĩnh Crimson Fire của họ. 

Lara thâm nhập vào đền thờ của giáo phái và nghe Amaru nói với Unuratu rằng The Box đã bị Andres Lopez giấu đi, hắn là một nhà truyền giáo được Trinity gửi đến Paititi trong lúc Tây Ban Nha chinh phục Nam Mỹ. Lara giải cứu Urunatu và nhận ra rằng Amaru không hoàn toàn hiểu được nghi lễ: sức mạnh của Kukulkan là không đủ để ngăn chặn khải huyền; thay vào đó, phải hiến tế cho chính Kukulkan để ngăn chặn việc đó. Unuratu bị Tư lệnh Rourke bắn, hắn là phó chỉ huy sau Amaru. Trước khi chết, Unuratu đã yêu cầu Lara hoàn thành nghi lễ, nhưng cảnh báo đừng để The Box ảnh hưởng đến cô. Lara và Jonah bị Rourke tấn công và tách ra khi họ rời Paititi để giải mã manh mối tiếp theo. Tin rằng Jonah đã chết, Lara tiếp tục điên cuồng phá hủy một nhà máy lọc dầu và những kẻ địch ở đó, ngoại trừ Rourke, đã trốn thoát. Cô suy sụp khi nhận ra Jonah còn sống, nhưng anh đã cố gắng trấn an cô và cùng nhau giải mã vị trí của The Box. Bị điên loạn bởi ảnh hưởng của The Box, Lopez đã thành lập một phái đoàn gần Paititi, nơi ông đào tạo những tay sai giúp lễ để hoàn thành nghi thức. Lara và Jonah tìm thấy một hầm mộ bí mật bên dưới một nhà thờ dẫn đến ngôi mộ của Lopez và The Box. Amaru tìm thấy họ và buộc Lara phải đầu hàng The Box. Amaru thừa nhận chính ông đã ra lệnh giết cha của Lara để ngăn việc tìm kiếm Paititi và tiết lộ nó với thế giới. Lara cố gắng thuyết phục Amaru sử dụng nghi thức Thanh Tẩy để thế giới được bình yên. Hắn từ chối, vì Thanh Tẩy sẽ chỉ ảnh hưởng lên Paititi. Amaru đã sử dụng vị trí của mình ở Trinity để thao túng nhằm ngăn chặn điều đó. Hắn bỏ Lara và Jonah để thoát khỏi thảm họa thứ ba: một trận động đất lớn gây sạt lở và phá hủy mọi thứ.

Trở lại Paititi, Lara và Jonah giúp Etzli, mới lên ngôi, dẫn đầu cuộc tấn công vào tổ chức dưới lòng đất ở khu trung tâm Paititi. Họ lên kế hoạch phá vỡ buổi lễ của Amaru trong khi phải cấp cách tránh thảm họa thứ tư và cũng là cuối cùng: một vụ phun trào núi lửa sẽ phá hủy cả thành phố. Lara buộc phải đi một mình, trong khi Trinity cắt đứt lực lượng của Etzli. Cô gặp Yaaxil và thủ lĩnh của họ là Crimson Fire, thuyết phục họ giúp cô ngăn Amaru lại. Lara nhận vai trò của Ix Chel trong khi Crimson Fire là Chak Chel. Khi Yaaxil giết Rourke và Hội đồng thượng đỉnh Trinity, Lara đi đến đền tế thờ. Cô không ngăn Amaru đâm xuyên The Box và hấp thụ sức mạnh của Kukulkan khi xảy ra hiện tượng nhật thực. Lara áp đảo Amaru sau một trận chiến kéo dài; chấp nhận thất bại, hắn chuyển sức mạnh của Kukulkan cho Lara khi chết. Đúng như lời cảnh báo của Unuratu, cô bị cám dỗ sử dụng The Box để hồi sinh cha mẹ, nhưng thay vào đó cô đã để "Chak Chel" đâm cô dưới hình tượng vì cô là "Ix Chel". Điều này đồng nghĩa với việc hiến tế linh hồn của thần Kukulkan và ngăn chặn được Thanh Tẩy. Hậu chiến, Unuratu quyết định nghỉ xã hơi còn Jonah đi du lịch. Lara ở lại Paititi để giúp Etzli khôi phục lại thành phố như thời hoàng kim nó từng có. Một hậu cảnh cho thấy Lara lên kế hoạch cho chuyến phiêu lưu tiếp theo của cô tại Croft Manor, thừa nhận rằng vai trò của cô không phải là giải quyết những bí ẩn của thế giới, mà là để bảo vệ họ.

Nội dung có thể tải xuống

Shadow of the Tomb Raider đã phát hành một vài chương nội dung dưới dạng có thể tải xuống để mở rộng câu chuyện của trò chơi. Mỗi chương này chạy song song với mạch truyện chính và tập trung vào một ngôi mộ bổ sung. Lara khám phá ra nguồn gốc ảnh hưởng của người Maya ở Peru và giải quyết bí ẩn về một công nhân dầu mỏ mất tích; tìm thấy một đồ tạo tác để thúc đẩy cuộc nổi dậy của Unuratu, cũng như tìm thấy một bí mật có thể đe dọa nó; đối mặt với nỗi sợ hãi tồi tệ nhất của cô khi đi tìm một vũ khí mạnh mẽ; biết được một bi kịch đã hình thành nên quyết định gia nhập Trinity của Amaru; hỗ trợ một nhóm phiến quân bị bắt bởi Giáo phái Kukulkan; điều tra sự xáo trộn tại một ngôi đền địa phương đã biến thành một cái bẫy do Trinity giăng ra; và tìm hiểu số phận của Yaaxil liệu có sống sót sau trận chiến với Trinity hay không.